El problema puede deberse a un antivirus que bloquea a algún archivo, un talego de programas instalados, archivos modificados (por ejemplo, para instalar temas), algún driver...son miles de posibles problemas.
Andate a inicio - todos los programas - accesorios - símbolo del sistema (ejecutar como administrador) y ejecutá este comando:
sfc /scannow (esto devolverá los archivos del sistema a su estado original)
También mirá si no tenés algún firewall o antivirus "paloma" (Zone Alarm, Kaspersky, etc) si es así podés irle dando en la nuca ya...
Lo más recomendable es hacer una instalación limpia de Windows 7 con el SP1 integrado