a mi me paso eso men de seguro instalaste otro OS o reinstalaste el windows lo que podes hacer es una de las siguientes soluciones
1-con OS live CD/USB trata de recuperar los datos y los copias a otro disco duro o los quemas en un disco y volves a armar la particion
2-trata de reparar el MBR de tu windows ya que cuando formateaste la particion del sistema te dejo sin utilizar la otra , con el disco q instalaste el windows trata de repararlo una vez me funciono asi men claro si no te funciono la primera proba esta
3-quiza la mas facil andata a herramientas administrativas , discos fisicos o discos duros no recuerdo en el panel de control lo encontras y marca la la particion como activa o asignale otra letra .
proba cualquier de las 3 opciones q te di aunq la mas facil es la 3 que te di proba y nos contas como te fue
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suerte