ya he tenido ese problema con algunas maquinas, pero yo personalmente lo que he hecho es montar el disco duro como esclavo, y utilizando el chksdk, para poder recuperar algun archivo que le falta al sistema de windows, el te lo recupera automaticamente, haciendolo desde el simbolo del sistema, otra manera que automaticamente cuando lo conectas con el cable ID del disco duro y el que va hacia el cd rom o dvd que tengas, el te mandara una comprobacion rutinaria del disco...
Espero que les funcione, a mi me funciona....