Tenes toda la razon, algunas aplicaciones no son compatibles a lo que dije, pero vale la pena probarlo, mejor hacemos esto, digamos que lo instalemos en windows 98, pero antes debemos pasar el thinstall, solo para ver como esta configurado y sacarle los .dll que no son de la aplicación, luego solo lo integramos a la aplicación que quedo instalado desde la compactividad que trae windows xp y creo que funcionara, porque a mi me paso un caso asi, lo hice y me funciono a las mil maravillas.
esta es mi opinion,
Darkbios