Yo tuve un problema similar allá por el 2009 (cuando era aún Windows 7 RC) al instalar un programa que se llama "Restorator" sobreescribió algo en el registro y no se podía ejecutar nada (borró "la forma de actuar" de los .exe)
Así que creo que algo similar pudo haber ocurrido en tu caso, algún programa cambió eso, yo tuve que formatear porque no encontré solución (bueno, la hay, con el hiren's boot cd > mini xp > registry editor PE, terminé arreglando el problema de los exe, pero mi cuenta de usuario se corrompió, la interfaz toda gris, los iconos borrosos y el sistema tri-lento) así que al final siempre tuve que formatear (los datos de tus carpetas los podés sacar y copiar a una USB con un LiveCD de linux)
A la próxima, evitá instalar todo lo que se vea "bonito" y también un buen antivirus -si se diera el caso de que sea algún malware- no está de más (Microsoft Security Essentials)