pues fijate q microsoft ha mejorado bastante el WOW (Windows On Windows) y el soporte para aplicaciones de 32 bits en un win46 no da mayor problema pero tambien depende de la aplicacion y como dice pattyxoxo las q si dan problema son las de 16 bits
eso mismo te iba a decir... Correr aplicaciones en 32 bits en un SO de 64 bits si se puede, lo q no puedes hacer es correr aplicaciones de 64 en un SO de 32
...
y con respecto a las de 16 bits (la verdad no he probado) logicamente deberia de poderse, ya que Win es un poco mas practico y solo tienes q configurar la aplicacion en propiedades para q te deje correr aplicaciones en 16 bits...
al menos eso pieso yo, aaa se llama modo de compatibilidad
espero q sea de tu ayuda