pues creo que eso es normal, es como cuando al notepad.exe le cambias nombre te crea otro o si lo eliminas te crea otro y eso no es por que tenga virus la maquina
ya con eso de que no te deja usar el regedit es otra onda, yo me diria que mejor reinstalaras el OS
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muy cierto, ahorita acabo de borrar el regedit.exe para probar y si, lo restaura el Windows
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lo malo es que seguramente el virus infecto el respaldo que usa Windows para restaurarlo :(
En fin, espero que no te vuelva a pasar.