No he usado Graybox, pero según veo solo podes tener una ventana abierta. Esto es por que el script crea un elemento con id
GB_overlay y lo usa internamente, por eso cuando tenes dos elementos con el mismo id, el script te produce bugs como el que comentas.
Yo evitaria el abrir mas ventanas modales desde otra ventana por razones de usabilidad y experiencia de usuario. Pero, si queres hacerlo, revisa jQuery UI y el widget
dialog, este de da mas control.
Podes crear el siguiente markup
<div id = "content"> <button>Abrir ventana1</button></div>
<div id = "ventana1"> <button>Abrir ventana2</button></div>
<div id = "ventana2"> Hola! </div>
Con el siguiente CSS
#ventana1, #ventana2 { display: none; }
Y agregas un poco de JavaScript
$('#content button').on('click', function(){
$( "#ventana1" ).dialog({
height: 140,
modal: true
});
});
$('#ventana1 button').on('click', function(){
$( "#ventana2" ).dialog({
height: 140,
modal: true
});
});
Solo tendrías que cambiar la posición de la segunda ventana, para mas info revisate la documentación de jQuery UI.
Te puse un pequeño ejemplo aqui:
http://jsfiddle.net/LFRcL/1/