bueno com oencoder que soy te puedo decir algo al respecto, bueno comodices que deseas pegar los sub a tu video supongo que deseas q sean fijos, pues la mejor herramienta pa esto es el virtualdub o virtualdubmod, junto con el AviSynth.
El virtualDub o vdm lo utilizas pa el encodeo y el AviSynth pa agregar los sub a tu video.
Ahora q si lo unico que deseas en ver el sub de srt en el video al reproducirlo, busca el vobsub, lo instalkas y como dijeron por ahi le pones el mismo nombre del video sin cambiar la extension y al reproducir el video con cualkier reproductor (te recomiendo el Media Player Classic), podras ver el sub en tu video.
Salu2 8)