yo he pagado muchas veces con el NPE a traves de banca en linea de banco agricola, y tambien he pagado directamente al momento de presentarla pero con banco agricola
en banco agricola lo que se hace es que ya sabiendo el monto que debes de pagar te vas a la opcion pagos, pagos gob y ahi se hace reserva de fondos, te dan un codigo
luego en pagina hacienda presentas declaracion y le das pago, elegis banco agricola y metes el codigo y ya valida, siempre el recibo lo guardo por cualquier posible inconveniente y luego para generar la declaracion me voy a hacienda en consultas y ahi busco la declaracion para imprimir y guardarla, en algunos casos se me ha tardado hasta 24 horas en salir la declaracion habilitada en consultas pero generalmente sale a los minutos.