Eclipse y netbeans son un programa que te facilita escribir código y compilarlo, un FRAMEWORK en términos generales es una colección de bibliotecas de código ya escrito para que vos implementes en tus programas, por ejemplo si queres hacer un programa de dibujo, podes encontrar bibliotecas que te permiten hacer circulos, cuadrados triangulos, etc, sin necesidad de que vos escribas el código, SPRING especificamente hablando es un framework para Java EE que te da funcionalidades básicas comunes de la Enterprise Edition ya listas para usar sin que vos te tengas que preocupar por implementarlas, también incluye un MVC preestablecido.
de forma mas sencilla: una analogia con la cocina, los IDE (eclipse, netbeans) son tus utensilios de cocina (la batidora, el horno, etc) y los Framework son como cosas precocinadas (sopas en lata, salsas) ya lisas para solo añadir a tu platillo.