A mi me paso convirtiendo de MOV a AVi y WMV, primero lo convertia pero lo dejaba sin audio, de ahi lo convertia pero quedaba el video adelantada, en otra vez solo guardaba un pedazo de el video, y no le encontraba como solucionar ese clavo, al final lo que hice fue cargar directo el archivo al sony vegas desde el CD y de ahi renderizarlo a WMV.
y cero problemas, no perdi audio ni se adelantaba el video