Mira lo mejor es usar una combinación de varios programas y el VirtualDubMod, al menos este último si que sirve para seleccionar las cadenas de audio y dejar las que quieres, incluso, podes recomprimir los audios en MP3 y recodificar el video (dependiendo de que codec quieras ocupar en el archivo final, Xvid, DivX, H264, etc)
PD. Ya encontré como hacerlo, pero ocupa varios programas, aunque lo mejor para mi es el VDM, ya lo he hecho con una serie de anime en una ocasión anterior, pero si queres te pongo lo que encontré en unos minutitos, lo voy a arreglar.
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Checa esto, sorry, me tardaría mucho.
http://www.portaldivx.com/matroska/manuales/mkv2avi/mkv2avi.php
Me voy a tardar mucho en modificarlo
Mejor te pongo la página, está entendible, sino buscate bien sobre codificación en DivX, en
DivxHouse, o
Doom9, son paginas de ripeo y codificación con DivX y Xvid