En mi experiencia, núnca perdí información cuando me metí con las diferentes distribuciones... usé el PM para redimensionar y mover particiones. A los 2 años de usar mi distribución favorita, logré redimensionar NTFS y fue la única vez que lo usé y lo comencé a recomendar.
Posteriormente, después de aventurarme con otras distribuciones, dejé un desorden particiones en el disco donde NTFS quedaba en medio de las ext3 y cuando quise arrancar el WindowsXP, este ya no quiso. Así que, es recomendable tener las particiones bien organizaditas si se va a convivir con ambos sistemas.
Hay usuarios novatos que, en el caso de Mandriva, usan la herramienta de particionado que esta distribución trae y hasta ahorita no he visto problemas... bueeeeeno, honestamente si hubo uno hace mucho tiempo, pero no en este foro.
Saludos.