Si sabes darle pasadas mediante codecs de video te recomiendo que lo hagas con el VirtualDub, codifica el video con un nuevo codec, y utiliza los filtros de VirtualDub o VirtualDubMod, mediante el filtro
ROTATE con el que fácilmente podrás rotar el video a tu antojo, te coloco unas capturas de como buscar el filtro en el virtualdub, para queluego codifiques bien el video con los codecs que tenes instalados, sino sabes de codificación o tienes dudas consulta las guías de esta página, ahi se aprende mucho, están las guías y los programas, que no pesan nada, y con ello podrás hacer lo que necesites en los videos, te lo coloco porque a veces la rotación no te da buenos resultados sino codificas el video, y si lo haces de manera que no compresionas el video, el archivo original de por ejemplo 100Mb puede pesarte 1Gb debido a que no tiene compresión. Saludos y Suerte
http://www.mundodivx.com/dvdavi/index.php
Estas capturas solo son para el filtro rotate, pero lo demás de la codificación es necesario que leas los manuales a parte.
PASO 1
PASO 2
PASO 3
PASO 4
PASO 5