Hey gracias amigo, de hecho ya lo habia hecho y no lo reproduce, y para descartar q sea el reproductor, lo probe en un Blu-Ray Samsung como archivo de video desde una usb, y da el mismo problema. Teniendo en cuenta q en los dos reproductores (Samsung y WD) reproducen cualquier archivo.
OK entonces si el problema es efectivamente solo el asunto de los capitulos la solucion es facil:
http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/MKV Toolnix, es un programita que te permite trabajar con casi cualquier contenedor de video (AVI, MP4, MKV y otros) te muestra las partes componentes del archivo multimedia por ejemplo audio, video, subtitulos empaquetados, capitulos, etc y te permite eliminar a voluntad lo que quieras.
Yo lo uso frecuentemente cuando le quiero poner audio en español a alguna pelicula o para sincronizar audios, pero he visto que muestra la informacion relativa a los capitulos (las lineas de tiempo que tu dices) y permite quitarselos.
Una vez hecha la modificacion te permite guardar el archivo resultante empaquetado en un MKV, es una herramienta poderosa pero muy facil de utilizar te la recomiendo para ver si solucionas tu problema.
La ventaja es que como solo trabaja a nivel de empaquetamiento de los distintos streams y partes que componen el video es muy rapido solo esta limitado al tiempo que le toma guardar el video resultante en el HD distinto a lo que seria usar un programa que te reconvierta todo el video y que podria tomar horas en terminar.
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