He asistido a varios webinars que ha hecho la gente del Ministerio de Hacienda.
Para empresas grandes que tienen ERP's ya montados, a los desarrolladores de los ERP's les cae el clavo de hacer una interfaz para el MH.
Para poder enviar a hacienda a validar la factura electrónica es a través de JSON y/o XML, si no hay idea de cómo hacer esto, se puede buscar apoyo por parte de "certificadores" o "intermediarios" como: INFILE (Empresa Guatemalteca que recién ha abierto operaciones en El Salvador para este tema de la Factura Electrónica), RICOH, PBS, EJJE. Estas empresas cobran cierta cantidad por "certificar" cada factura electrónica y se pueden encargar de almacenarte las facturas electrónicas por el tiempo que dice la ley, por enviar el correo al cliente. En pocas palabras, si no tenés la infraestructura para la facturación electrónica, podés auxiliarte de ellos.
El MH mencionaba que para aquellas pequeñas empresas que facturaran menos de cierto monto (no recuerdo monto exacto, pero por decir una cantidad...) de $10,000 mensuales, ellos como MH ponían a disposición de esas pequeñas empresas una plataforma para emitir facturas electrónicas.