Lo que sucede es que si no se borran, es porque hay un archivo que se está multiplicando, lo que yo haría en ese caso es buscar TODOS los archivos que han sido modificados o creados desde una fecha específica, después pasaría el CCleaner para evitar todas esas cookies y temporales (muchas veces allí está la bestia esa) y después tenés que borrar los archivos de programa, dll y cosas así extrañas. Pasá un antispyware, si el antivirus no lo detecta, reducí la búsqueda a la partición o carpeta adonde crees qeu sea más probable (le facilita la búsqueda), cerrá todos los procesos, si no, hacé la búsqueda desde modo a prueba de fallos.