Mira viejo, y eso te paso cuando le pusiste un nuevo disco duro, si es asi fijate si esta configurado como DMA Ultra Modo 5, porque si esta en modo PIO.. eso te lo vuelve super lento.. Esta es la velocidad de transferencia entre la mother y el hard drive.
Si no es eso, verifica, los programas al inicio.. y solo ocupa los necesarios.