1- Si estas en windows 7 busca la opcion organizar->opciones de carpeta y busqueda->ver->Quitas el cheque a la opcion de ocultar archivos del sistema, esto es para que se muestre la carpeta que tiene el virus. En windows xp son parecidas las opciones que tenes que buscar
2-Con el antivirus actualizado, escaneas tu memoria, te va a encontrar los virus, le das que los elimine. generalmente estan en una carpeta que lleva nuemeros, tambien borrala.
3- Si te ha creado archivos .exe con el nombre de tus carpetas tambien borralos (ojo no tus carpetas estan seguramente ya les podes quitar el atributo de ocultar).
4- Regresa al paso 1 y ponele de nuevo el cheque a ocultar archivos del sistema
Espero te sirva.