Al actualizar el firmware de esa manera, perdes toda garantía con tu proveedor :P
NO! 
Al rootear tu teléfono ahí si perdes la garantía porque el bit de seguridad se pone en 1, esto quiere decir que has anulado la garantía del firmware, pero si solo le reemplazas el firmware por otro de stock, el bit de seguridad se matiene en cero.
En donde trabajo contratamos 40 equipos samsung j5 hace como 2 años, nos dio problemas y la solución era cambio de firmware, vino el representante de samsung a la empresa y me comento que no había ningún problema si les cambiábamos el firmware, media vez no los rootearamos, y en efecto así hicimos.
Podes comprobar si tu samsung tiene garantía de firmware haciendo lo siguiente:
-apaga el celular
-estando apagado presionas volumen abajo + power + boton home(si existe en tu telefono), entraras al modo download
-te pedira que presiones volumen abajo para reiniciar o volumen arriba para entrar a modo download
-en modo download, hay una linea que dice: waranty void, si sale 0 ó 0x0, es porque no has violado la garantía, si sale 1 o cualquier otra cosa, ya violaste la garantía.
En resumen, repito, rootear te quita la garantía, cambiar firmware no.