Que ondas pana.
Pues para poner un fan controller, te lo podes conseguir en Dealextreme, aunque sean chinos aguantan. Yo compre uno ahí mismo y no me arrepiento.
Hay varias opciones para a escoger.
Pode usar este que tiene para cuatro fans y lo pones en la bahía del floppy, me gusta por que es pequeño y hace exactamente los que queres, controlar hasta cuatro fans de forma independiente.
http://www.dealextreme.com/p/4-channel-cooling-fan-variable-speed-controller-for-pc-50969
Esta este otro, el cual es mucho más elaborado que el anterior, podes controlar tresn fans, pero también tenes la ventaja de tener el panel lcd en el frontal con la información de la RPM de cada fan y la temperatura que vos decidas ver (según instales las sonda que trae).
http://www.dealextreme.com/p/stw-6026-lcd-panel-lcd-module-fan-temperature-controller-95056
Y tenes este otro que a mi me parece que es el que tiene mejor acabado que los demás. Y podes controlar hasta 6 fans con este.
http://www.dealextreme.com/p/6-channel-cooling-fan-speed-controller-for-pc-73597
saludos.-