No tengo 3DS, pero he tenido la oportunidad de probar uno.
Asi como dijeron arriba, puede ser el efecto 3D el que te haga experimentar eso, en mi opinion el efecto 3D no es la gran cosa, en los juegos que lo he probado (Zelda & Star fox)
Asi que prefiero deshabilitarlo, para observar bien el 3d, debes enfocar bien tu mirada sin distraerte y pues hasta puede llegar a cansarte la vista.