Eso depende del IDE con que estés trabajando, por ejemplo en NetBeans con F8 vas "STEP INTO" linea por linea y cunado llegas a un procedimiento entra a el y sigue la depuración, mientras que con F9 te saltas las funciones y procedimientos "STEP OVER" y sigue con la depuración despues de la llamada. Si no busca en el menu que se activa en modo de depuración y busca el botoncito que diga "STEP INTO" o "STEP OVER"