Sos programador?
Yo no he visto ninguna manera de convertir codigo fuente de cobol a codigo fuente de java y que te lo deje listo para compilar, de hecho hay varias empresas que se dedican a eso por que siempre se necesita el human touch para que todo funcione, podes convertir de cobol a lenguaje natural de java, pero vas a necesitar habilidades de programacion y conocer el lenguaje java para hacer los cambios, por otra parte, existen varias aplicaciones modernas para hacer la tarea que necesitas, no hay por que reinventar la rueda.