Bueno Secure Shell Client, es un programa que solo le he encontrado una funcionalidad que putty no tiene y es la transferencia de archivos, a parte de eso, putty siempre me ha trabajado muy bien, nunca me ha dado el problema que dices y el Secure Shell si, por eso regrese a putty, además de algunos otros. En lo personal, lo que hago es un enlacen con FreeNX a uno de los servidores que administro y desde ahi controlo el resto.