Si se pueden tener dos conexiones al mismo tiempo. de hecho hasta podes puentiar ambas para que tengas velocidad de C1 + C2, osea que si son de la misma velocidad, vas a duplicar la velocidad efectiva de tu conexion.
Ahora, lo que el dice de que un programa use una y otro programa use otra esta un poco mas complicado, pero suponiendo que los programas te permitan seleccionar cual conexion usar, se deberia de poder sin problema.
Es como cuando tenes una laptop y te conectas por cable y tenes habilitado el wireless. Windows usualmente utiliza la conexion por cable como primaria, pero eso no quiere decir que la wireless esta desactivada. De hecho, supone que tenes solo wireless y tenes un programa abierto recibiendo/enviando datos, ese programa seguira usando wireless aunque conectes el cable de red. Y solo si lo cerras y volves a abrir es que se cambia a cable.
Ahora bien, estoy hablando de Windows 7, en XP creo que lo que hace es cortar conexion para pasarse de una a otra.
Lo que el quiere hacer no es imposible, solo un poco complicado, pero se puede lograr.