ftp es un protocolo de transferencia de archivos, no es que exista un sitio u dominio ftp y uno web.
En los hosting gratuitos el ftp apunta a la carpeta (espacio web) desde donde tenés permiso vos de crear tu sitio o subir los archivos -regularmente / o "raiz", es decir el ftp lo que permite es la tranferencia de archivos (ya sean dependientes del sitio o no) entre un cliente externo y el servidor web.
La cuenta que te dan es la principal apuntando directamente al directorio raíz, para un cliente externo a tu empresa, como es tu caso... lo más recomendable es crear una cuenta de visitante con acceso a una carpeta en especial, por ejemplo /transferencias, donde el usuario solo tiene acceso única y exclusivamente a esa carpeta dejando tus archivos a salvo.