Volvé a poner el jumper y dejalo como master (en SATA, se configura automáticamente todo)
Si no lo reconoce así tenés que ir al BIOS, y ver si aparece el disco duro en cuestión.
Si aparece en el BIOS, pero no en Windows, puede que no se le haya asignado una letra de unidad, puedes hacerlo con el Partition Wizard (búscalo en la sección correspondiente) o con el Administrador de Discos de Windows.
Con Partition Wizard solo debes localizar el disco duro (disk 1, disk 2, etc.) y seleccionar la opción "change letter"
Con Administrador de Discos de Windows (inicio -> ejecutar -> diskmgmt.msc) localizas el disco duro (está en azul, con el nombre [si tiene uno, de lo contrario aparecerá como "disco local"] y sin ninguna letra anexa (D:, E:, F:) así que haces click derecho sobre él y seleccionas "cambiar la letra y rutas de acceso de unidad" donde sólo eliges la letra a asignar, presionas aceptar y el disco debería aparece (en algunas ocasiones no lo hace, hay que reiniciar)