
Me parece raro si te fijas tenes 2 procesos ejecutandose 2 veces, el del driver de ati y el del kaspersky que son avp.exe y ati2evxx.exe
En realidad es normal, muchos procesos tienen 2 o mas instancias realizando diferentes actividades, aunque en la lista aparecen con el mismo nombre, por ejemplo en este momento en mi Pc tengo 10 instancias de svchost.exe (servicio del sistema), cada una muy probablemente, realizando diferentes actividades relacionadas con el sistema operativo
Asi mismo, ati2evxxx.exe brinda diferentes servicios relacionados con la vga utilizando diferentes instancias.
Colaborando con el usuario que creo el post, si los procesos de mantenimiento basicos que seguro conoces muy bien y que ya probaste...
1)Defragmentacion de disco
2)Eliminacion de programas innecesarios o que ya no utilizas
3)Liberar espacio
4)Revisar a profundidad que programas y servicios se cargan al inicio de windows con msconfig y desactivar los innecesarios (este ultimo punto siendo muy importante)
5)Revisar el disco en busca de errores fisicos o logicos usando la herramienta de windows chkdisk
...no te funcionan, es bastante razonable pensar en la posibilidad de formatear, porque asi como hay usuarios que bien pueden pasar hasta dos años con una instalacion (me incluyo), tambien hay usuarios que por la cantidad/tipo de programas que han instalado, definitivamente han degradado el rendimiento del sistema operativo. Creeme que no serias el primero ni el ultimo al que windows le ha dado problemas sin razon aparente.
Y especificamente, en que parte del inicio del sistema el sistema se tarda mas

(durante el logo de windows, pantalla de bienvenido, etc)
Lo que te podria recomendar que hicieras para probar que el disco o algun tipo de driver o software que inicia con windows es el culpable, es arrancar en modo seguro y verificar si se tarda sensiblemente menos tiempo.PD: Ese "led rojo" que tu mencionas al principio no es un dato curioso, en realidad indica como bien sabes, que el disco probablemente esta en continuo uso o bien hay un problema con el cable, drivers de disco o el disco duro en si.