Bueno, me parece conocido tu problema, las experiencias que he tenido han sido las siguientes:
Inconveniente: Esta conectada una memoria USB al pc y el bios esta seteado para que bootee de la USB.
Solucion: Extrae la USB del PC y reinicia la Maquina
Inconveniente: Has sufrido un ataque de virus e infectado los archivos de booteo.
Solucion: Conseguite la ultima version del Hire's Boot CD, setea la bios para que bootee desde el CD y utiliza alguno de los antivirus que vienen en el cd, con suerte y te limpia la maquina de virus.
Inconveniente: Tu disco duro tiene algun sector dañado y algun archivo del carga del sistema esta en ese sector y por eso no te carga el sistema.
Solucion: Siempre con el CD de Hiren's utiliza el HDD Regenerador para que te busque y repare algun sector defectuoso en el disco.
y como ultima opcion para solucionar cualquier inconveniente en el sistema tenemos que conseguir un CD Live ya sea base Windows (Windows Live CD, Pilitos Live CD) o un base lunux (Famelix), esto te ayudara a recuperar archivos en el disco o reperar el sistema, ya que carag el sistema operativo desde el CD y no del HDD.
Sin mas que aportar, espero que algo de esto sirva de algo y suerte con tu PC.
Saludos!!