pues mira como dice jakell puede ser de puertos, porque pusiste que solamente no te carga windows, pero no has puesto si te sale algun mensaje o algo
en caso de que no te reconozca que el disco duro es el maestro y que de alli debe cargar, trataria de bootear desde el quemador y al no encontrar nada te manda un mensaje de falta fichero no se que, o insert a proper boot device o algo
trata de cambiarlo de puerto sata, tambien mira en la bios que controlador tiene, asi me paso con mi hdd sata, en el bios estaba: driver sata: RAID 0 y como el disco duro no estaba en RAID 0 no me dejaba arrancar la maquina, prueba por alli