Concuerdo con lo de la formateada, en especial si sos alguien que mantiene sus respaldos por alli para recuperar el sistema de manera rapida.
Pero, si no queres ser tan drastico como una reformateadita, pues habria q tener varias cosas en cuenta, como por ejemplo lo que el otro communiter decia de la fragmentacion del disco, que es basicamente que la manera q los discos duros trabajan es que guardan la informacion randomizadamente en cada sector del disco, eso quiere decir que para la cabeza de lectura del disco encuentre un archivo, el disco tiene q girar varias veces para juntar los "pedacitos" y asi el archivo cargue. Si desfragmentas tu disco, todos esos pedacitos quedan secuenciales (almenos en la medida posible) y asi el disco trabaja menos para cargar las cosas, eso te puede dar un levantoncito.
Y si no tenes tantos procesos en memoria (como programitas q hayas instalado y/o posible spyware jaja) pues.. recomendaria que comenzaras a chequear los procesos que posiblemente no te sirven. Y quitarlos de el arranque de windows usando msconfig. Eso te puede dar otro levanton..
No se que mas podrias hacer pero si esto no sirve estariamos hablando de un sistema operativo corrupto. (y en el peor de los casos, si despues de la formateadita no se te arregla, pasale un diagnostico a tu disco duro, talvez y este malito, a mi me paso y cuando me lo cambiaron por la garantia pues, ya estaba rapidin todo)