El PIO, la ventaja que tiene es que es mucho mas compatible y aunque es mucho mas lento, tambien aparte de eso, no da mayor problema. (algunos recordaran placas con chipset sis, que era un verdadero parto hacer funcionar el DMA)
El DMA ademas de ser mucho mas rapido, requiere una intervencion minima por parte de la CPU. Y segun recuerdo en tiempos antiguos (1997-2002) podia llegar a ser bastante complicado hacerlo funcionar
Por cierto en general, no veo que sea tan necesario modificar el registro, simplemente suponiendo que tienes los drivers necesarios, lo selecionas desde el administrador de dispositivos.