OK, vaya mira, te recomiendo entonces, entra al BIOS, y ponele los valores por default, busca la configuracion de disco duro y ponele el valor de compatibilidad, si es que este es sata.
si aun asi no te bootea, podrias usar los diskettes de partition magic (yo te los subo) para borrar cualquier particion que tenga el disco, crear una particion NTFS, comprobarla para ver si tiene algun error y hasta entonces bootear el CD de instalacion de windows, una pregunta, leiste el documento de microsoft posteado anteriormente?