Tu versión de Ubuntu es algo antigua pero veamos si aun aplica. La solución que personalmente uso que consiste en volver a los archivos "inmutables" usando "chattr" e "incron" (osea, haciendo uso de inotify).
El comando chattr +i hace que los archivos sean inmutables, osea: una vez creados no pueden modificarse, eliminarse o renombrarse. Esto es básicamente lo que entiendo que queres.
Un ejemplo de como protegerias todos los archivos:
chattr -R +i /tu/carpetacompartida
Ahora bien, esto tiene su propio problema porque luego ni root en el servidor puede borrar estos archivos a menos que hagas:
chattr -i /tu/carpetacompartida/archivoQueBorraras.abc
Con eso le quitas el atributo de inmutable y luego podes borrarlo.
Ahora bien, con "incron" ejecutas el comando "chattr" cuando un nuevo archivo en tu carpeta se cree. Notá que esta solución es independiente de SAMBA por lo que ese directorio quedaría protegido para cualquier otro servicio (FTP, SCP, NFS, etc).
En Ubuntu el paquete es "incron" y lo podes configurar todo asi:
sudo apt-get install incron
sudo nano /etc/incron.allow
En esa pantalla (seguro se te abrirá nano como editor) pones la siguiente linea:
root
Luego presionas CTRL+O y luego CTRL+X
Luego:
sudo incrontab -e
En ese pantalla (de nuevo, seguro se te abrirá nano como editor) pones la siguiente linea:
/tu/carpetacompartido IN_CLOSE_WRITE chatrr +i $@/$#
Luego presionas CTRL+O y luego CTRL+X
Y bueno, este es el método que yo utilizo es muy diferente a cualquiera que encontres en internet porque la mayoría de otras soluciones te indican que tenes que conformarte con que siempre se van a poder renombrar los archivos (solución de permisos via mascara), que hayan retrasos entre la creación y la aplicación de permisos (uso de cron), o que el usuario que creo el archivo lo va a poder borrar (solución del sticky bit), etc.