no hay tal cosa como una ingeniería en linux, es como que hubiera una ingeniería en windows... (bueno de esas si hay, "tecnico operador windows", ¿que les enseñaraán? donde está el botón de inicio?)
lo de hacer proyectos de la u siempre en linux, es posible hasta cierta medida, depende de lo neutral que sea el catedrático, yo lo he hecho con moderado éxito hasta el momento.