Pues puede que en algun lugar este el causante de borrar los archivos, no puede ser que sea de la nada, a menos que como mencionaron ahi que modificaran el codigo para que se borrara asi mismo, pero para eso hay que tener los fuentes y no creo que los tengan.
Y borran archivos a una hora especifica??? si es asi de plano que es una tarea programada, o si se borran en algun evento especifico que hacen, no se me ocurre mas, lo otro es que habilites la auditoria de archivos (en los permisos NTFS) para que te audite todos los eventos de los archivos a el visor de eventos, ahi podras ver a que horas borran los archivos y que usuario es.