Vaya mirá, con respecto al sitio de mi empresa, lo que tenes que hacer es ocupar CSS para que se "ajuste" los diferentes tipos de resoluciones para que como vos decís el contenido no se desordene, allí serías que leyeras un poquito sobre CSS y XHTML y ya con eso podes lograr lo que necesitas.
Con respecto al contenido, podes hacer dos cosas: primero podés diseñar el header y el footer de el sitio haciendo uso de CSS y guardarlos como 'header.php' y 'footer.php' respectivamente y luego con un 'include' los llamas para que (valga la redundancia) se incluyan donde vas a mostrar el contenido. Un ejemplo sería:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Prueba</title>
</head>
<body>
<?php include('header.php'); ?>
<div id="contenido">
Aqui pones el contenido, tenes que darle algunos valores en CSS al div 'contenido' tambien.
</div>
<?php include('footer.php'); ?>
</body>
</html>
La otra forma es diseñar todo el sitio (sólo en el index.php) y dejar el espacio donde queres que vaya el contenido "que se carge" y en ese espacio insertar el siguiente código PHP que se encargará de "incluir" los demás contenidos:
<?php
if(isset($id)){ include("$id.php");}
else{ include("main.php"); }
?>
Aquí por defecto en el 'index.php' te va a incluir el 'main.php' donde te sugiero que pongas el contenido de la página principal, para llamar a las demás páginas debes usar 'index.php?id=nombredepagina", es decir si queres llamar la página que se llama "about.php" sólo pones "index.php?id=about" y de esta forma llamará el contenido.
Tenes que asegurarte que tu proveedor de hosting tenga activada una caracteristica del PHP llamada 'register_globals' para poder hacer uso de este ultimo tipo de include ya que es peligroso porque no solo vos podes incluir archivos, sino cualquiera por ejemplo si haces 'index.php?id=http://www.google.com.sv'. Por esa razon no te lo recomiendo, personalmente no tengo activada esa caracteristica en mi servidor, por seguridad. Tambíen podes hacer usando AJAX, pero allí debes ya leer un poco más para ver que queres hacer y con que. Cualquier duda estamos a la orden.