No hay ningún problema con menu.html porque se muestra bien SWF1 en todo el sitio, solo es en esta página en particular donde no se muestra alguna de las dos animaciones.
Y menu.html solamente tiene dos div principales 1 con SWF1 y el otro con las botones del menú principal (botones animados con comportamientos)
Respondiendo:
Una pequeña preguntita:
si ingresas solo a "menu.html" te carga correctamente lo que necesitas mostrar???
Si, si funciona correctamente
te recomiendo que revises el codigo donde insertas el flash, a lo mejor tenes alguna referencia mala, revisa bien por que la mayoria de veces no llva solo una.
y ese codigo que pusiste no me quedo muy claro 
El código para insertar el flash es generado por dreamweaver, no lo he tocado (solo el wmode), y viene ya con SWObject.