Mandale el archivo al dueño del hosting y decile que por favor lo introduzca en X tabla. Si compraste hosting tenes derecho a pedirles favores.
Uno de esos favores es que ese archivo backup que tenes lo pongas en un webserver al que ellos puedan acceder, por ejemplo por ftp a tu cuenta
Y luego ellos fácilmente entran por ssh y lo cargan en el mysql.
Ese limite es de php, no esta directamente relacionado a el phpmyadmin, inclusive 50MB es un valor bastante grande el que han dejado.
La otra posibilidad es que hagas un gzip a ese archivo y veas de cuanto te queda, es bien fácil, ponelo en un linux y dale gzip nombrearchivo.sql y listo
Es bien probable que de 200MB te baje a 50MB
gzip --best nombrearchivo.sql