tu sitio no esta "infectado". a tu sitio lo atacaron. probablemente porque tenes pobres medidas de seguridad. la unica forma de que vas a estar seguro de que estas limpio es restaurando todo desde una copia de seguridad. tenes que empezar a usar GIT. si tuvieras git solo purgas el sitio y lo restauras desde el repositorio. (idealmente deberias tener un pipeline de deployment). asi que aunque lo limpies te doy un par de dias antes de que te vuelva a pasar. seguridad de servidores señores, no la descuiden.