Brother, ese conector q no sabes q es es (el molex de 2 pines), verde con blanco solamente para el LED de encendido!
El cable del case a la mobo debe decir "SW ON/OFF", y en la mobo debe decir PWR BTN, que generalmente está a la derecha del PWR LED.
El cooler del procesador lo tenes conectado en un puerto de ventilación del chasis CHA FAN (algunos ventiladores vienen con ese conector, que la mobo va regulando la ventilación del ventilador según temperatura) buscate por ahi cerca otro similar a ese que debe decir CPU FAN.