Yo pienso como g00mba y mxgxw, claro, poniéndonos en el contexto en que vivimos. Si incluso el sistema actual, donde podemos "ver" todo el proceso, se puede ver comprometido debido a la situación de corrupción/impunidad en que se vive, ni nos imaginemos como podría comprometerse un sistema donde prácticamente no vemos nada más que una pantallita y luego los resultados, fácilmente alguien malintencionado tuvo acceso a alguno de los desarrolladores del sistema (individuos, empresa desarrolladora, organismos, etc) y pudo meter mano en el core del sistema y manipularlo a su beneficio a base de amenazas, extorsión etc.
Pero se imaginan un sistema híbrido? Electrónico + papeletas? Esto podría servir de transición entre uno y otro, vas, escojes tus opciones, se almacena en BDD, se imprime papeleta, guardás en la cajita y te vas... En tiempo real podrías tener resultados y los validás posteriormente contra las papeletas que son las que mandan.
Claro, esto implica una buena inversión, pero también se "invierten" cada 3 años varios cientos de miles de dólares en el sistema informático exclusivo de cada elección. Si no me equivoco lo que se le iba a pagar a la "Soluciones Aplicativas" eran cerca de $300,000.