Casi siempre, es mejor hacerlo directamente con las aerolineas por el hecho que, cualquier problema, arreglas vos y ellos, sin intermediarios.
El tema con las agencias de viajes, es que te pueden ofrecer paquetes que las aerolineas no tienen directamente y ese es el negocio, que te comienzan a armar un paquete de viaje con todas tus necesidades. Ponele, te pueden ofrecer el boleto, hotel y otro tipo de atractivos turisticos.
La aerolinea, es más directo y solo es el boleto y listo. Con tema de devoluciones, tengo entendido que te cobran un porcentaje por cancelar el viaje o por si sucede X cosa. Este dato, te lo debo.