Tambien esta la opción CMS de un Joomla! con VirtueMart... hay tiendas muy buenas y diseños muy llamativos.
por eso, cuando es con cms es mas barato, pero si queres que tu diseño de verdad se vea profesional, no tenga hoyos de seguridad comunes a los cms mal configurados, que no se mire identico a decenas y decenas de otros sitios con la misma plantilla, con alguna funcionalidad especial, etc. eso es lo que pagas. no es tanto la funcionalidad como que sea ajustado a tu medida y bien hecho.