Bueno así un poco en síntesis:
Una tabla en donde manejes los encabezados de cada una de las facturas.
Otra tabla en la cual controlarías el detalle de cada una de las facturas.
Otra tabla en donde manejarías el catálogo de tipos de documento a emitir:Consumidor Final,Crédito Fiscal, Nota de Crédito, etc,
Otra tabla del Maestro de Clientes.
Si vas a manejar saldos de las facturas, pues entonces una tabla de saldos en la cual tendrás cada una de las facturas con su saldo, o lo reconstruyes con querys.
Otra tabla de recibos de pagos el cual tiene que servirte como un detalle de los descargos a cada factura.
Pues esto es más o menos para ir dandote una idea.
Espero te sirva
Saludos,
